Trong những năm cuối của Mạc phủ, hay Mạc mạt, Mạc phủ tiến hành những biện pháp mạnh mẽ để cố tái khẳng định địa vị thống trị của mình, mặc dù việc tham dự vào công cuộc hiện đại hóa và giao thiệp với các cường quốc khiến Mạc phủ trỏ thành đích nhắm của mọi tình cảm chống phương Tây trên khắp đất nước.

Các học viên hải quân được gửi đến học ở các trường hải quân phương Tây, bắt đầu truyền thống của các lãnh đạo được đào tạo ở nước ngoài, như Đô đốc Enomoto. Kỹ sư hải quân Pháp Léonce Verny được thuê làm kho chứa vũ khi hải quân, như ở Yokosuka và Nagasaki. Vào cuối thời Mạc phủ Tokugawa năm 1867, Hải quân Nhật Bản của Tướng quân đã sở hữu 8 tàu chiến hơi nước kiểu phương Tây quanh kỳ hạm Kaiyō Maru, được sử dụng chống lại quân đội bảo hoàng trong chiến tranh Mậu Thìn, dưới sự chỉ huy của Đô đốc Enomoto. Một sứ bộ quân sự Pháp được gửi đến Nhật Bản năm 1867 để giúp hiện đại hóa quân đội của Mạc phủ. Nhật Bản cử các phái đoàn và tham dự vào Hội chợ Thế giới 1867 ở Paris.

Sùng kính Thiên Hoàng như một biểu tượng cho sự thống nhất. Những người cực đoan liên tiếp tiến hành những vụ tấn công và ám sát nhắm đến Mạc phủ, chính quyền của các Han và người nước ngoài. Sự trả đũa của hải quân nước ngoài trong cuộc chiến tranh Anh-Satsuma dẫn đến thậm chí những ưu đãi thương mại lớn hơn qua hiệp ước 1865, nhưng Yoshitomi không thể thực thu các hiệp ước của phương Tây. Quân đội Mạc phủ bị đánh bại khi đước điều đến để đè bẹp sự bất mãn ở các han thuộc hai tỉnh Satsuma và Chōshū năm 1866. Cuối cùng, năm 1867, Thiên hoàng Hiếu Minh qua đời và người con trai thứ hai là Mutsuhito lên nối ngôi, Thiên hoàng Minh Trị.

Keiki miễn cưỡng phải trở thành người đứng đầu gia đình Tokugawa và Chinh di Đại tướng quân sau cái chết không ngờ tới của Tokugawa Iemochi, vào giữa năm 1866. Ông cố tái tổ chức lại triều đình dưới quyền của Thiên Hoàng trong khi vẫn bảo vệ vai trò lãnh đạo của Tướng quân, một hệ thống được gọi là kōbu gattai. Lo sợ sức mạnh ngày càng tăng của các đại danh Satsuma và Chōshū, các daimyo khác kêu gọi trao trả quyền lực chính trị của Tướng quân cho Thiên Hoàng và Hội đồng các đại danh do cựu Tướng quân Tokugawa đứng đầu. Với sự đe dọa của các hành động quân sự sắp diễn ra Satsuma-Chōshū, Keiki hành động trước bằng cách trao lại một số quyền lực trước kia của ông.